A fragmentação existente no acervo custodiado pelo IMASNS reflete um pouco a realidade da história do mesmo ao longo dos anos. Enquanto as instituições se sucederam de uma forma lógica e organizada, até onde se sabe, os acervos foram sendo realocados de maneira dispersa e inadequada, perdendo-se para o tempo e para a ação humana sem controle. Não sabemos se sua história foi documentada, por isso acreditamos que a maior parte da trajetória deste acervo está perdida entre os muitos depósitos dos acervos existentes no IMASNS e nas demais instituições custodiadoras de acervos do Hospício de Pedro II, tornando-se um trabalho quase hercúleo recuperá-la, se não for algo impossível de ser feito, dado todas as perdas já sofridas. O pouco que sabemos hoje é que a partir do decreto de criação do Hospício de Pedro II, em 1841, a documentação envolvendo o hospício passa a surgir, ainda que vinculada à Santa Casa da Misericórdia do Rio de Janeiro, que era a instituição encarregada do recolhimento dos donativos e verbas públicas que permitiram a gradativa e longa construção do espaço onde, em 1852, o hospício foi inaugurado. A maior parte dessa documentação hoje está perdida, mas uma parte dela sobreviveu à ação do tempo, graças às ações de funcionários como Annibal Coelho de Amorim, do então Centro Psiquiátrico Pedro II. O funcionário (isso é o que a história oral da instituição conta) foi o encarregado da montagem da exposição do Museu da Psiquiatria. Este museu foi organizado na década de 1980 com o objetivo de expor as transformações vividas pelo hospício e contar um pouco de sua história no prédio onde hoje está localizado o Centro Comunitário da instituição. Nesta exposição, hoje desativada, encontravam-se móveis de época (pertencentes a ex-diretores), peças dos antigos modelos de tratamento dos pacientes, como camisas de força e máquinas de eletrochoque, placas petri, livros sobre psiquiatria e uma gama diversificada de documentos, como os de controle das verbas destinadas ao hospício reguladas pela Santa Casa da Misericórdia entre as décadas de 1840 e 1860. Os documentos atualmente se encontram no Arquivo Permanente do Centro de Documentação e Memória, descritos e acondicionados de forma correta a garantir sua sobrevivência. A partir da fundação do Hospício de Pedro II a documentação produzida no desenvolvimento de suas funções e atividades ficou alocada na própria instituição, ainda que a Santa Casa da Misericórdia tenha se mantido como gestora oficial do espaço. Para a Santa Casa eram enviados relatórios demonstrativos das atividades e dos custos da instituição, assim como do encaminhamento do tratamento dos pacientes de uma forma geral e qualquer outro problema que pudesse ocorrer no hospício. Esses relatórios, em sua maioria, estão no Arquivo Nacional em uma vasta série denominada Saúde, dificultando que sejam recuperados e mesmo que se identifiquem com os fundos reais da instituição.